این آموزشگاه به عنوان اولین اموزشگاه ریاضی استان مرکزی، با هدف ارتقاء سطح ریاضی علاقه مندان و معرفی استعدادهای برتر در سال 1389 تاسیس شد و با کسب مجوز فعالیت از اداره اموزش و پرورش استان مرکزی در تاریخ 5/3/ 1389 با حضور پیشکسوتان و جمعی از دوستداران علم وفرهنگ، رسماً فعالیت خود را آغاز نمود. پس از بررسی و مطالعات فراوان ، همچنین مشاوره با افراد صاحب نظر، به عنوان پاس داشت مقام علم و دانش، نام علامه میرزا حبیب الله ذوالفنون اراکی، ریاضی دان، اختر شناس ، مفسر قرآن ، شاعر و ادیب والا مقام استان مرکزی انتخاب شد و این آموزشگاه با نام « آموزشگاه تخصصی ریاضیات علامه ذوالفنون» به علاقه مندان معرفی گردید.
در ابتدا منشور کاری این آموزشگاه« که کلیه ی فعالین در این آموزشگاه خود را ملزم به رعایت آن می دانند» توسط موسسین به شرح زیر تهیه و ارائه گردید:
اخلاقیات به عنوان اصل پایه در نظر گرفته شده و دیگر موارد عبارتند از وحدت، مسولیت پذیری ، احترام به قوانین و مقررات، احترام به حقوق شهروندان دیگر، عشق به کار، تحمل سختی ها به منظور سرمایه گذاری روی آینده ، میل به ارائه کارهای برتر و فوق العاده، نظم پذیری و... امیدواریم ضمن کسب اعتماد همشهریان گرامی بتوانیم به همه اهداف پیشروی خود برسیم.